（一）农业防治
结合耕作栽培措施实施薄膜覆盖高温灭草，农事操作中耕除草；深秋和初冬进行两次深翻，使地下根茎充分暴露，从而被霜冻和严寒杀死；严格控制农田氮肥施用量，特别是水田，防止水花生疯长。
（二）化学防治
选用草甘膦、氯氟吡氧乙酸乳油、甲磺·氯氟吡等药剂，参照GB4285、GB12475、GB/T8321、NY/T1276等的规定使用。
甲磺隆在土壤中的残留期长，易对作物造成伤害，应严格按照说明书使用，在水域慎用。
（三）物理措施
采取人工、机械铲除或人工、机械打捞；铲除和打捞水花生时应尽可能深挖或连根打捞；铲除或打捞出的水花生可集中烧毁或经充分腐熟沤制成绿肥使用。
另外，如化学防治效果不理想的情况下，可先打捞清楚部分水花生，压低水花生种群密度，再喷施药剂。
（四）生物防治
当早春最低气温回升到10℃以上时十方水花生叶甲虫，每公顷水域释放1000~3000头成虫，可控制其为害与蔓延。
（五）生境管理
在水花生发生地区，将闲置池塘、河滩、荒地等以低价货无偿承包或租借给农民开发利用，减少适宜水花生滋生的生境。